一场瘟疫消灭了世界上百分之九十九的人类，其余的都转移到地下。科学家把一个囚犯送回到90年代，来调查该病毒跟一个病毒专家的儿子之间究竟有什么关联。该囚犯的记忆中只留下两条微弱的线索：他挥之不去的童年回忆，以及“十二只猴子”的难解记号。
